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English 本校組織分為學術/教學、研究及行政三大體系。學術/教學體系設有工程、資訊、管理、人文社會、電機通訊五個學院，以及1個獨立研究所；現有大學部16學系（含各學院英語學士班）、碩士班/學位學程17所、博士班/學位學程8所。工程學院設有機械工程學系所、化學工程與材料科學學系所、工業工程與管理學系所、生物科技與工程研究所、工程學院英語學士班；資訊學院設有資訊工程學系所、資訊管理學系所、資訊傳播學系所、生物與醫學資訊碩士學位學程、資訊學院英語學士班；管理學院設有管理學院博士班、管理學院經營管理碩士班、管理學院財務金融暨會計碩士班、管理學院管理碩士在職專班、管理學院學士班（含英語專班）；人文社會學院設有應用外語學系所、中國語文學系所、社會暨政策科學學系所、藝術與設計學系所、文化產業與文化政策博士學位學程、人文社會學院英語學士班；電機通訊學院設有電機工程學系所（含括電機、通訊、光電、AI人工智慧等領域）、電機通訊學院英語學士班；110學年度另增設獨立之醫學研究所（碩士班） ，並經教育部核准自113學年度起增設護理學系 。此外，設有跨學域之通識教學部（下設國際語言文化中心）、體育室與軍訓室；並於111學年度增設國際書院，整合各學院英語學士班，提供完整的跨域國際人才培育規劃；增設企業書院，提供單一企業客製化之企業學程及培育產業共通人才的產業學程，產學攜手共育永續人才。而為推動社會人士與校友之終身學習，本校早於86學年度即成立終身教育部；配合政府對外推動華語文政策、本校外籍生及鄰近工業區移工之華語學習需求，111學年度起於終身教育部下增設華語中心。
研究體系設有9個研究中心，分別為：大數據與數位匯流創新中心、人工智慧跨域創新應用中心、智慧生產與管理創新研究中心、通訊研究中心、綠色科技研究中心、環境科技研究中心、老人福祉科技研究中心、創新創業中心，以及臻鼎科技－元智大學大數據聯合研發中心。此外，本校另設非屬研究性質之藝術中心及管理才能發展與研究中心。藝術中心隸屬人文社會學院，為推展人文藝術活動、散播藝文種子的園地；管理才能發展與研究中心隸屬管理學院，為推動管理科學教育發展及產學交流之重要平台。
行政體系則分設教務處、學生事務處（含原住民族學生資源中心）、總務處、研究發展處、圖書資訊服務處、全球事務處（含國際專修部）、秘書室（含校務研究中心、永續發展暨社會責任中心、公共事務暨校友服務中心）、人事室、會計室，以及環境保護暨安全衛生中心。另設置醫護學院籌備處，推動本校醫護相關領域系所籌設發展事宜 。